TCGA数据下载：R包TCGAbiolinks介绍

昨天介绍了TCGA2STAT这个R包，今天来继续根据博文 TCGA数据下载方法简介中的顺序来介绍R包TCGAbiolinks包，其下载数据类型类似于TCGA2STAT，但是又比它难懂。

R包的下载

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioc.ism.ac.jp/biocLite.R")
biocLite("TCGAbiolinks")

涉及的包很多，可能很久才能下载完，下载建议使用R，不要用Rstudio，效果更好。

可下载的数据

这里请参考TCGA2STAT对数据的介绍。TCGAbiolinks包的最新文档http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/TCGAbiolinks/man/TCGAbiolinks.pdf ，对下载数据做了介绍，还有涉及到不同的平台，下载什么样的数据。

一个案例

query <- GDCquery(project = "TCGA-ACC",data.category = "Copy Number Variation",data.type = "Copy Number Segment")

GDCdownload(query)

query.met <- GDCquery(project = "TCGA-GBM",legacy = TRUE,data.category = "DNA methylation",platform = "Illumina Human Methylation 450")

GDCdownload(query)

具体的情况，请多做实验来验证。