使用WDL执行GATK HaplotypeCaller教程

Introduction

这里的workflow叫做

helloHaplotypeCaller

；包含一个单任务即是GATK’s HaplotypeCaller。这个task输入一个file

inputBAM

,输入一个file

rawVCF

。

Workflow

在workflow里，我们会执行task并指定task的执行顺序。

workflow helloHaplotypeCaller {

call haplotypeCaller

}

Task

例子，比如像GATK RefFasta, sampleName, inputBAM是核心输入。同时GATK会自动寻找支持文件如an index & dictionary for the reference, and an index for the bam：

task haplotypeCaller {

File GATK

File RefFasta

File RefIndex

File RefDict

String sampleName

File inputBAM

File bamIndex

command {

java -jar ${GATK} \

-T HaplotypeCaller \

-R ${RefFasta} \

-I ${inputBAM} \

-o ${sampleName}.raw.indels.snps.vcf

}

output {

File rawVCF = "${sampleName}.raw.indels.snps.vcf"

}

}

Running the pipeline

先生成input文件：

java -jar wdltool.jar inputs helloHaplotypeCaller.wdl > helloHaplotypeCaller_inputs.json

在input文件填写具体信息，比如：

"workflow.task.variable" : "Type"

改为

"helloHaplotypeCaller.haplotypeCaller.RefFasta" : ".../helloHaplotypeCallerBundle/ref/human_g1k_b37_20.fasta"

执行运行：

java -jar cromwell.jar run helloHaplotypeCaller.wdl -i helloHaplotypeCaller_inputs.json

参考