软件源安装和源码编译安装的不同

用软件源的好处是不用处理依赖关系的问题，缺点是版本不新。
自己编译的好处是可以精确控制编译参数，修改代码，获得最新的版本。缺点是要处理复杂的依赖关系。
比如你提到的LAMP，其实Ubuntu上面可以用apt-get install lamp-server^ 命令来安装。其中lamp-server^是一个meta package，其实就是一系列包的组合。14.04里，lamp-server^大约包含几十个软件包，这些软件包如果都要自己从零编译的话，将会耗费大量的时间和磁盘空间。
再举一个例子，ffmpeg是一个功能很强大的视频/音频编解码软件。由于开发团队内讧，Ubuntu 14.04里没有包含官方的软件包，只有一个fork出来的版本。那时候我曾尝试过自己编译，折腾了一整天，最后才勉强编译出来一个可用的。因为有太多依赖的包需要安装了，有些包的配置文件还需要修改，文档也不全。
自己编译源代码还有一个问题是如果没有保存安装信息的话，卸载起来很不方便，因为你不知道装的时候产生了哪些文件和配置信息。这个问题可以用checkinstall这个工具解决。
另一方面，Ubuntu/Debian的软件源里的版本通常都不是最新的。除了自己从源代码编译之外，还可以找一下一些软件官方或者其他第三方的软件源，加入apt的source list里面即可。