医学图像处理:Ubuntu16.04安装freesurfer教程
2018-03-13 17:04
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freesurfer是一个处理大脑3D数据影像的软件,用起来非常方便。安装教程如下:我的ubuntu系统是16.04,其他版本亦可作为参考。
1.下载所需软件包
在官网上下载安装包,链接:点击打开链接。下载需要12个小时左右。
获取licence,在官网点击打开链接上注册一下,填写自己的邮箱,提交之后会收到一个邮件。打开附件,复制附件信息,新建一个licence.txt,将内容粘贴到该txt文件中。
收到的邮件如下
2.安装包复制与解压
将下载的软件包复制到/usr/local下,要保证有足够大的空间。在ubuntu系统下打开命令窗口,输入
sudo cp 安装包名字 /usr/local这里安装包名字不仅要是全称,还要将位置信息打上去(如果你进的是该安装包目录下就不用了)。
解压:输入
sudo tar -zxvf /usr/local/freesurfer安装包文件名
3.安装
安装tcsh (if not),在终端输入:
sudo apt-get install tcsh
完成后输入tcsh,不报错的话就没问题了。
4.环境配置在命令栏中为桌面路径下输入
sudo gedit /etc/profile在所打开文件的最后一行 输入:
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
在命令栏中为桌面路径下输入
sudo gedit /etc/bash.bashrc在所打开的文件中输入 export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh保存。分别输入:tkregister2、tkmedit、tksurfer 和recon-all --help没有报错的话 ,就说明基本安装成功。-------- freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0-2beb96c --------
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME /usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR /usr/local/freesurfer/subjects
MNI_DIR /usr/local/freesurfer/mni
zj@zj-H110M-S2:~$
5.可能遇到的错误
a.在复制文件时可能会出现:‘cp:无法创建目录‘/usr/local/freesurfer’:权限不够’。解决:在cp前加上sudo。
b.“qdec.bin: error while loading shared libraries: libjpeg.so.62: cannot open shared object file: No such file or directory”
解决方案:sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjpeg.so.8.0.2 /usr/lib/libjpeg.so.62c.NO writing permission之类的。解决:输入 sudo
a44d
su 进入到root用户。6.软件用例Example 1: 将sample-001.mgz 转换成nifti格式。.$> cp $FREESURFER_HOME/subjects/sample-001.mgz .
$> mri_convert sample-001.mgz sample-001.nii.gz
...
reading from sample-001.mgz...
TR=7.25, TE=3.22, TI=600.00, flip angle=7.00
i_ras = (-0, -1, -0)
j_ras = (-0, 0, -1)
k_ras = (-1, 0, 0)
writing to sample-001.nii.gz...Example 2: .对nifti文件进行重新配置$> export SUBJECTS_DIR=<path to subject directory>
$> recon-all -i sample-001.nii.gz -s bert -all (creates a folder called bert in SUBJECTS_DIR)Example 3: 在预先存在的主题文件夹上执行全面重新配置$> export SUBJECTS_DIR=<path to subject directory>
$> recon-all -s bert -allExample 4: 查看图像.$> cd $SUBJECTS_DIR
$> freeview -v \
bert/mri/T1.mgz \%可换成自己的图像
bert/mri/wm.mgz \
bert/mri/brainmask.mgz \
bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
-f \
bert/surf/lh.white:edgecolor=blue \
bert/surf/lh.pial:edgecolor=red \
bert/surf/rh.white:edgecolor=blue \
bert/surf/rh.pial:edgecolor=red
![](http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall?action=AttachFile&do=get&target=freeview_67.jpeg)
补充:上面忘记提了,每次使用时在终端都要输入(配置环境变量)
tcsh
setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
source$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
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