【一起学生信】blast 结果文件处理
2018-01-04 11:46
176 查看
本地采用blast比对完成后，会得到一个xml文件，但是xml文件过于复杂，不好处理。我们可以采用biopython将其转换为 blast-tab 文件。
各列解释
from Bio import SearchIO
xml = SearchIO.parse('/your/xml-path/', 'blast-xml')
SearchIO.write(xml, '/your/output-path', 'blast-tab')各列解释
Members: qid # Query Id sid # Subject Id pident # Percentage of identical matches length # Alignment length mismatch # Number of mismatches gaps # Total number of gaps qstart # Start of alignment in query qend # End of alignment in query sstart # Start of alignment in subject send # End of alignment in subject evalue # Expect value bitscore # Bit score
内容来自用户分享和网络整理，不保证内容的准确性，如有侵权内容，可联系管理员处理 
相关文章推荐
- 用二进制文件处理学生成绩
- 第十五周 项目1 用二进制文件处理学生成绩
- 第15周上机实践项目1——用二进制文件处理学生成绩
- 《C++第十七周实验报告1-1》---学生成绩处理：保存为二进制文件
- Java读取处理文本文件并输出处理结果
- 文件上传 通过隐藏iframe的方式来实现ajax上传文件并返回处理结果 ie乱码问题解决
- 第15周【项目1-用二进制文件处理学生成绩】
- 第十五周项目1 用二进制文件处理学生成绩
- Meter 上传apk文件后，何时,如何调用服务器的解析方法 与结果处理
- 第十七周C++【报告一】学生成绩处理：保存为二进制文件
- 第33篇学生建房间连老师总结及IOS-WebRTC BUG处理（一）及php打开文件
- 第十五周 项目一：用二进制文件处理学生成绩
- 第十五周上机项目1 用二进制文件处理学生成绩
- 一起学shell之（八-1）文件处理 推荐
- 项目-4-用二进制文件处理学生成绩
- 第十七周任务一（用二进制形式处理文件之学生分数）
- 【一起学生信】bam文件统计覆盖深度、靶向捕获效率
- 用二进制文件处理学生成绩
- 第15周项目1-用二进制文件处理学生成绩
- DB2导出del文件的sql、别名为数字和字母的处理、结果数据替换