uva 1368 - DNA Consensus String（DNA汉明距离）

习题3-7 DNA序列（DNA Consensus String, ACM/ICPC Seoul 2006, UVa1368）

输入m个长度均为n的DNA序列，求一个DNA序列，到所有序列的总Hamming距离尽量

小。两个等长字符串的Hamming距离等于字符不同的位置个数，例如，ACGT和GCGA的

Hamming距离为2（左数第1, 4个字符不同）。

输入整数m和n（4≤m≤50, 4≤n≤1000），以及m个长度为n的DNA序列（只包含字母

A，C，G，T），输出到m个序列的Hamming距离和最小的DNA序列和对应的距离。如有多

解，要求为字典序最小的解。例如，对于下面5个DNA序列，最优解为TAAGATAC。

TATGATAC

TAAGCTAC

AAAGATCC

TGAGATAC

TAAGATGT

（汉明距离：算出 每列与 此列最多量的字符 不同的字符的个数 ，各个列相加）

Sample Input

3

5 8

TATGATAC

TAAGCTAC

AAAGATCC

TGAGATAC

TAAGATGT

4 10

ACGTACGTAC

CCGTACGTAG

GCGTACGTAT

TCGTACGTAA

6 10

ATGTTACCAT

AAGTTACGAT

AACAAAGCAA

AAGTTACCTT

AAGTTACCAA

TACTTACCAA

Sample Output

TAAGATAC

7

ACGTACGTAA

6

AAGTTACCAA

12

https://uva.onlinejudge.org/index.php?option=com_onlinejudge&Itemid=8&page=show_problem&category=830&problem=4114&mosmsg=Submission+received+with+ID+20524214

//能解出来就是好的，有时候略微繁琐一些是在所难免的。
//It's not necessary to tack such a toxic attitude around that it's slightly difficult.（不必对其仿佛洪水猛兽。）
#include<iostream>
#include<string.h>
using namespace std;
const int M=50,N=1000;
char dna[M+5][N+5];
int acgt[4][N+5];
int main()
{
int T;
cin>>T;
while(T--)
{
int m,n;
cin>>m>>n;
int hamming=0;
memset(acgt,0,sizeof(acgt));
for(int i=0;i<m;i++)
{
for(int j=0;j<n;j++)
{
cin>>dna[i][j];
switch(dna[i][j])
{
case 'A':acgt[0][j]++;break;//注意字典序
case 'C':acgt[1][j]++;break;
case 'G':acgt[2][j]++;break;
case 'T':acgt[3][j]++;break;
}
}
}
for(int j=0;j<n;j++)
{
int maxx=acgt[0][j],nn=0;
for(int j2=1;j2<4;j2++)
{
if(maxx<acgt[j2][j])
{
maxx=acgt[j2][j];
nn=j2;
}
}
switch(nn)
{
case 0:cout<<'A';break;
case 1:cout<<'C';break;
case 2:cout<<'G';break;
case 3:cout<<'T';break;
}
hamming+=(m-acgt[nn][j]);//行数-最大字符数量=单列汉明
}
cout<<endl<<hamming<<endl;
}
return 0;
}
//AC at 2017/12/22

因为物理实验考试，昨日拖码一日。