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TensorFlow基础3:数据读取的三种方式

2017-11-27 14:47 801 查看
‘在讲述在TensorFlow上的数据读取方式之前,有必要了解一下TensorFlow的系统架构,如下图所示:



TensorFlow的系统架构分为两个部分:

前端系统:提供编程模型,负责构造计算图;

后端系统:提供运行时环境,负责执行计算图。

在处理数据的过程当中,由于现在的硬件性能的极大提升,数值计算过程可以通过加强硬件的方式来改善,因此数据读取(即IO)往往会成为系统运行性能的瓶颈。在TensorFlow框架中提供了三种数据读取方式:

Preloaded data: 预加载数据

Feeding: placeholder, feed_dict 由占位符代替数据,运行时填入数据

Reading from file: 从文件中直接读取

以上三种读取方式各有自己的特点,在了解这些特点或区别之前,需要知道TensorFlow是如何进行工作的。

TF的核心是用C++写的,这样的好处是运行快,缺点是调用不灵活。而Python恰好相反,所以结合两种语言的优势。涉及计算的核心算子和运行框架是用C++写的,并提供API给Python。Python调用这些API,设计训练模型(Graph),再将设计好的Graph给后端去执行。简而言之,Python的角色是Design,C++是Run。

1. Preload data: constant 预加载数据

特点:数据直接嵌入graph, 由graph传入session中运行

import tensorflow as tf

#设计graph
x = tf.constant([1,2,3], name='x')
y = tf.constant([2,3,4], name='y')
z = tf.add(x,y, name='z')

#打开一个session,计算z
with tf.Session() as sess:
print(sess.run(z))


运行结果如下:



在设计Graph的时候,x和y就被定义成了两个有值的列表,在计算z的时候直接取x1和x2的值。

2.Feeding: placeholder, feed_dict

特点:由占位符代替数据,运行时填入数据

import tensorflow as tf

#设计graph,用占位符代替
x = tf.placeholder(tf.int16)
y = tf.placeholder(tf.int16)
z = tf.add(x,y, name='z')

#打开一个session
with tf.Session() as sess:
#创建数据
xs = [1,2,3]
ys = [2,3,4]
#运行session,用feed_dict来将创建的数据传递进占位符
print(sess.run(z, feed_dict={x: xs, y: ys}))


运行结果如下:



在这里x, y只是占位符,没有具体的值,那么运行的时候去哪取值呢?这时候就要用到sess.run()中的feed_dict参数,将Python产生的数据喂给后端,并计算z。

3.Reading From File:直接从文件中读取

前两种方法很方便,但是遇到大型数据的时候就会很吃力,即使是Feeding,中间环节的增加也是不小的开销,比如数据类型转换等等。最优的方案就是在Graph定义好文件读取的方法,让TF自己去从文件中读取数据,并解码成可使用的样本集。

这种直接从文件中读取数据的方式需要设计成Queue的方式才能较好的解决IO瓶颈的问题。

Queue机制有如下三个特点:

producer-consumer pattern(生产消费模式)

独立于主线程执行

异步IO: reader.read(queue) tf.train.batch()



在上图中,首先由一个单线程把文件名堆入队列,两个Reader同时从队列中取文件名并读取数据,Decoder将读出的数据解码后堆入样本队列,最后单个或批量取出样本(图中没有展示样本出列)。我们这里通过三段代码逐步实现上图的数据流,这里我们不使用随机,让结果更清晰。

文件准备

$ echo -e "Alpha1,A1\nAlpha2,A2\nAlpha3,A3" > A.csv
$ echo -e "Bee1,B1\nBee2,B2\nBee3,B3" > B.csv
$ echo -e "Sea1,C1\nSea2,C2\nSea3,C3" > C.csv
$ cat A.csv
Alpha1,A1
Alpha2,A2
Alpha3,A3


单个Reader,单个样本

import tensorflow as tf
# 生成一个先入先出队列和一个QueueRunner
filenames = ['A.csv', 'B.csv', 'C.csv']
filename_queue = tf.train.string_input_producer(filenames, shuffle=False)
# 定义Reader
reader = tf.TextLineReader()
key, value = reader.read(filename_queue)
# 定义Decoder
example, label = tf.decode_csv(value, record_defaults=[['null'], ['null']])
# 运行Graph
with tf.Session() as sess:
coord = tf.train.Coordinator()  #创建一个协调器,管理线程
threads = tf.train.start_queue_runners(coord=coord)  #启动QueueRunner, 此时文件名队列已经进队。
for i in range(10):
print example.eval()   #取样本的时候,一个Reader先从文件名队列中取出文件名,读出数据,Decoder解析后进入样本队列。
coord.request_stop()
coord.join(threads)
# outpt
Alpha1
Alpha2
Alpha3
Bee1
Bee2
Bee3
Sea1
Sea2
Sea3
Alpha1


单个Reader,多个样本

import tensorflow as tf
filenames = ['A.csv', 'B.csv', 'C.csv']
## filenames = tf.train.match_filenames_once('.\data\*.csv')
filename_queue = tf.train.string_input_producer(filenames, shuffle=False)
reader = tf.TextLineReader()
key, value = reader.read(filename_queue)
example, label = tf.decode_csv(value, record_defaults=[['null'], ['null']])
# 使用tf.train.batch()会多加了一个样本队列和一个QueueRunner。Decoder解后数据会进入这个队列,再批量出队。
# 虽然这里只有一个Reader,但可以设置多线程,相应增加线程数会提高读取速度,但并不是线程越多越好。
example_batch, label_batch = tf.train.batch(
[example, label], batch_size=5)
with tf.Session() as sess:
coord = tf.train.Coordinator()
threads = tf.train.start_queue_runners(coord=coord)
for i in range(10):
print example_batch.eval()
coord.request_stop()
coord.join(threads)
# output
# ['Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2']
# ['Bee3' 'Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1']
# ['Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3']
# ['Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2']
# ['Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3' 'Sea1']
# ['Sea2' 'Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3']
# ['Bee1' 'Bee2' 'Bee3' 'Sea1' 'Sea2']
# ['Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1']
# ['Bee2' 'Bee3' 'Sea1' 'Sea2' 'Sea3']
# ['Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2']


多Reader,多个样本

import tensorflow as tf
filenames = ['A.csv', 'B.csv', 'C.csv']
filename_queue = tf.train.string_input_producer(filenames, shuffle=False)
reader = tf.TextLineReader()
key, value = reader.read(filename_queue)
record_defaults = [['null'], ['null']]
example_list = [tf.decode_csv(value, record_defaults=record_defaults)
for _ in range(2)]  # Reader设置为2
# 使用tf.train.batch_join(),可以使用多个reader,并行读取数据。每个Reader使用一个线程。
example_batch, label_batch = tf.train.batch_join(
example_list, batch_size=5)
with tf.Session() as sess:
coord = tf.train.Coordinator()
threads = tf.train.start_queue_runners(coord=coord)
for i in range(10):
print example_batch.eval()
coord.request_stop()
coord.join(threads)

# output
# ['Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2']
# ['Bee3' 'Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1']
# ['Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3']
# ['Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2']
# ['Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3' 'Sea1']
# ['Sea2' 'Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3']
# ['Bee1' 'Bee2' 'Bee3' 'Sea1' 'Sea2']
# ['Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1']
# ['Bee2' 'Bee3' 'Sea1' 'Sea2' 'Sea3']
# ['Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2']


tf.train.batch
tf.train.shuffle_batch'
数是单个Reader读取,但是可以多线程。
tf.train.batch_join'
tf.train.shuffle_batch_join
可设置多Reader读取,每个Reader使用一个线程。至于两种方法的效率,单Reader时,2个线程就达到了速度的极限。多Reader时,2个Reader就达到了极限。所以并不是线程越多越快,甚至更多的线程反而会使效率下降。

迭代控制

filenames = ['A.csv', 'B.csv', 'C.csv']
filename_queue = tf.train.string_input_producer(filenames, shuffle=False, num_epochs=3)  # num_epoch: 设置迭代数
reader = tf.TextLineReader()
key, value = reader.read(filename_queue)
record_defaults = [['null'], ['null']]
example_list = [tf.decode_csv(value, record_defaults=record_defaults)
for _ in range(2)]
example_batch, label_batch = tf.train.batch_join(
example_list, batch_size=5)
init_local_op = tf.initialize_local_variables()
with tf.Session() as sess:
sess.run(init_local_op)   # 初始化本地变量
coord = tf.train.Coordinator()
threads = tf.train.start_queue_runners(coord=coord)
try:
while not coord.should_stop():
print example_batch.eval()
except tf.errors.OutOfRangeError:
print('Epochs Complete!')
finally:
coord.request_stop()
coord.join(threads)
coord.request_stop()
coord.join(threads)
# output
# ['Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2']
# ['Bee3' 'Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1']
# ['Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3']
# ['Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2']
# ['Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3' 'Sea1']
# Epochs Complete!


在迭代控制中,记得添加
tf.initialize_local_variables()
,官网教程没有说明,但是如果不初始化,运行就会报错。

参考博客:http://honggang.io/2016/08/19/tensorflow-data-reading/
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