ROSETTA使用技巧随笔--score.sc处理

对score.sc的便利操作：

$sort-n-k2example_score_file.sc

此命令会以score文件的第二列进行排序(sort-n-k2,-n表示对数值型数据排序，可用-r倒序排列)，并输出文件。

$sort-n-k2example_score_file|awk'{print$2"\t"$3}'

此命令以score文件第二列进行排序后，输出第二列及第三列（awk'{print$2"\t"$3}'）,第二列通常代表total_score（通常total_score越小越好，即越负越好）。

$sort-n-k2example_score_file.sc|head-n1000|awk'{print$2"\t"$25"\t"$NF}'>score_rmsd.dat

此命令以score文件第二列进行排序后，取前1000条数据（head-n1000），输出第二列，第25列（在某些protocol中第25列代表rmsd值，依不同的option及protocol，每列的数据可能都有所不同）及最后一列（$NF）到文件score_rmsd.dat文件中（>score_rmsd.dat）。

$gnuplot

Terminaltypesetto'x11'

gnuplot>plot"score_rmsd.dat"u2:1

上述命令使用gnuplot对score_rmsd.dat文件的第一列及第二列画散点图，如下所示。

可以看出score（y轴）与rmsd（x轴）有一定收敛性，及越小的rmsd通常对应这越低的能量（score）。