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Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit(修正)

2017-10-29 15:06 537 查看

Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit(修正)

一、RDKit简介
Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit点击打开链接

前面写的一篇CentOS 7下安装RDkit的文章，在测试的时候有很多报错，且不支持InChI和Avalon
toolkit，后面使用中经常会报错。

现在更新一下新的测试全通过的安装方法。

二、安装环境

系统：CentOS 7.3（64位）

硬件环境：

三、安装过程

安装boost库

python2 -m pip install boost  #视自己安装命令而定

安装依赖

yum install cmake tk-devel readline-devel zlib-devel bzip2-devel sqlite-devel

RDKit安装过程（安装在/opt文件夹下）

tar zxvf rdkit-Release_2017_09_1.tar.gz
mv rdkit-Release_2017_09_1 rdkit
cd opt/rdkit
mkdir build
cd build
cmake -DBOOST_ROOT=/opt/rdkit -DRDK_BUILD_PYTHON_WRAPPERS=OFF -DRDK_BUILD_INCHI_SUPPORT=ON -DRDK_BUILD_AVALON_SUPPORT=ON ..
make -j14
make install
ctest

环境变量配置（根据自己的安装文件夹简单修改）

gedit ~/.bashrc

#RDkit
export RDBASE=/opt/rdkit
export PYTHONPATH=$RDBASE
export LD_LIBRARY_PATH=$RDBASE/lib:/opt/rdkit/lib

source ~/.bashrc

安装后测试：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw

def depict_pic(smiles='c1ccccc1',mol_name='benzene',size=(300,300),kekulize=True,wedgeBonds=True):
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
#mol_name ='/home/liuwei/' +  mol_name + '.jpg'
mol_name = mol_name + '.jpg'
Draw.MolToImageFile(mol,mol_name,size,kekulize,wedgeBonds)

if __name__ == '__main__':
depict_pic(mol_name = 'test')

期待下一篇关于支持InChI和Avalon toolkit的代码测试。。。

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