Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit

RDKit: Open-Source Cheminformatics Software 点击打开链接

RDKit安装包下载：点击打开链

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安装boost库

python2 -m pip install boost #视自己安装命令而定安装gcc、g++、make、cmkae
yum install gcc
yum install gcc-c++
yum install make
yum install cmake 安装依赖的开发库

yum install cmake tk-devel readline-devel zlib-devel bzip2-devel sqlite-devel

安装过程
tar zxvf rdkit-Release_2017_09_1b1.tar.gz
mv rdkit-Release_2017_09_1b1 rdkit
cd opt/rdkit
mkdir build
cd build
cmake ..
make -j14
make install
ctest#测试发现一些错误，暂时没找到解决办法，但是运行测试代码OK#
环境变量配置

gedit ~/.bashrc

#RDkit
export RDBASE=/opt/rdkit
export PYTHONPATH=$RDBASE
export LD_LIBRARY_PATH=$RDBASE/lib:/opt/rdkit/lib

source ~/.bashrc

安装后测试：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw

def depict_pic(smiles='c1ccccc1',mol_name='benzene',size=(300,300),kekulize=True,wedgeBonds=True):
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
#mol_name ='/home/liuwei/' +  mol_name + '.jpg'
mol_name = mol_name + '.jpg'
Draw.MolToImageFile(mol,mol_name,size,kekulize,wedgeBonds)

if __name__ == '__main__':
depict_pic(mol_name = 'test')

文件夹下出现一个test.jpg文件