Bioperl 解析blast的输出结果
2017-08-08 14:01
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用bioperl 解析blast的默认输出结果, 整理成-m8格式的输出
#!/usr/bin/perl use Bio::SearchIO; my ($blast) = @ARGV; my $searchio = new Bio::SearchIO(-format => "blast", -file => "test.bls"); while (my $result = $searchio->next_result) { while (my $hit = $result->next_hit) { while (my $hsp = $hit->next_hsp) { my $query_name = $result->query_name; my $query_length = $result->query_length; my $align = $hsp->homology_string; $align =~ s/ /0/g; my $hit_name = $hit->name; my $identity = sprintf "%0.2f", $hsp->frac_identical * 100; my $mismatch =()= $hsp->seq_inds('hit','nomatch'); my $gaps = $hsp->gaps; my $align_length = $hsp->hsp_length; my $query_start = $hsp->start('query'); my $query_end = $hsp->end('query'); my $hit_start = $hsp->start('hit'); my $hit_end = $hsp->end('hit'); my $evalue = $hsp->evalue; my $bit_score = $hsp->bits; print qq{$query_name\t$hit_name\t$identity\t$align_length\t$mismatch\t$gaps\t$query_start\t$query_end\t$hit_start\t$hit_end\t$evalue\t$bit_score\n}; } } }
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