MATLAB实现PFFM算法

1.对文件内容根据P值排序

2.导出order

3.设置滑动窗

4.循环后归零

5.运用MATLAB求特征值公式strcmp计算

%以元胞数组形式导入supplementary materials（table S1)

%导入蛋白质序列文件C

s1=sortrows(s1,-6);%将s1按照P值降序排序

order=s1(1:20,3);%氨基酸排列顺序

%A=round(rand(20,20));%生成一个20*20的0,1矩阵；

A=zeros(20,20);

for i=1:length(C)-19
AA(i,1:20)=C(1,i:i+19)
end %设置滑动窗

[colu,row]=size(AA)%返回AA行列数

%比对，求特征值

for r=1:colu

A=zeros(20,20)
for p=1:20

for q=1:20
if strcmp(AA(r,p),order(q,1))==1
A(p,q)=1;
else
A(p,q)=0;
end
end
end

[V,D]=eig(A);

E(1,r)=sum((sum(abs(D)))'),

end