[bzoj1264][AHOI2006]基因匹配Match 树状数组优化dp
2017-06-05 19:11
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1264: [AHOI2006]基因匹配Match
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Description
基因匹配(match)卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度一定是5N。卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦,而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题,于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程序。 为了描述基因匹配的原理,我们需要先定义子序列的概念:若从一个DNA序列(字符串)s中任意抽取一些碱基(字符),将它们仍按在s中的顺序排列成一个新串u,则称u是s的一个子序列。对于两个DNA序列s1和s2,如果存在一个序列u同时成为s1和s2的子序列,则称u是s1和s2的公共子序列。卡卡已知两个DNA序列s1和s2,求s1和s2的最大匹配就是指s1和s2最长公共子序列的长度。[任务] 编写一个程序: 从输入文件中读入两个等长的DNA序列; 计算它们的最大匹配; 向输出文件打印你得到的结果。
Input
输入文件中第一行有一个整数N,表示这个星球上某种生物使用了N种不同的碱基,以后将它们编号为1…N的整数。以下还有两行,每行描述一个DNA序列:包含5N个1…N的整数,且每一个整数在对应的序列中正好出现5次。Output
输出文件中只有一个整数,即两个DNA序列的最大匹配数目。Sample Input
21 1 2 2 1 1 2 1 2 2
1 2 2 2 1 1 2 2 1 1
Sample Output
7HINT
[数据约束和评分方法]60%的测试数据中:1<=N <= 1 000
100%的测试数据中:1<=N <= 20 000
Source
pos存在a中的位置
每遇到一个b找最大值
#include<iostream> #include<cstring> #include<cstdio> using namespace std; const int N = 1000000 + 5; int a ,b ,pos [6],n,c ,f ,ans; void update( int x, int y ){ for( int i = x; i <= n*5; i += i&(-i) ) c[i] = max(c[i],y); } int find( int x ){ int re=0; for( int i = x; i; i -= i&(-i)) re = max(re,c[i]); return re; } int main(){ scanf("%d", &n); for( int i = 1; i <= n*5; i++ ){ scanf("%d", &a[i]); pos[a[i]][++pos[a[i]][0]] = i; } for( int i = 1; i <= n*5; i++ ) scanf("%d", &b[i]); for( int i = 1; i <= n*5; i++ ) for( int j = 5; j; j-- ){ int x = pos[b[i]][j]; f[x] = max(f[x],find(x-1)+1); update(x,f[x]); ans = max(ans,f[x]); } printf("%d", ans); return 0; }
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