蓝桥杯java第三届决赛第四题--DNA比对

【编程题】(满分27分)

脱氧核糖核酸即常说的DNA，是一类带有遗传信息的生物大分子。它由4种主要的脱氧核苷酸(dAMP、dGMP、dCMT和dTMP)通过磷酸二酯键连接而成。这4种核苷酸可以分别记为：A、G、C、T。

DNA携带的遗传信息可以用形如：AGGTCGACTCCA.... 的串来表示。DNA在转录复制的过程中可能会发生随机的偏差，这才最终造就了生物的多样性。

为了简化问题，我们假设，DNA在复制的时候可能出现的偏差是（理论上，对每个碱基被复制时，都可能出现偏差）：

　　1. 漏掉某个脱氧核苷酸。例如把 AGGT 复制成为：AGT

2. 错码，例如把 AGGT 复制成了：AGCT

3. 重码，例如把 AGGT 复制成了：AAGGT

如果某DNA串a，最少要经过 n 次出错，才能变为DNA串b，则称这两个DNA串的距离为 n。

例如：AGGTCATATTCC 与 CGGTCATATTC 的距离为 2

你的任务是：编写程序，找到两个DNA串的距离。

【输入、输出格式要求】

用户先输入整数n(n<100)，表示接下来有2n行数据。

接下来输入的2n行每2行表示一组要比对的DNA。（每行数据长度<10000）

程序则输出n行，表示这n组DNA的距离。

例如：用户输入：
3
AGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCT
AGCTAAGGCCTT
AGGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCTT
AGCTTAAGGCTT

则程序应输出：
1
1
2

【注意】

请仔细调试！您的程序只有能运行出正确结果的时候才有机会得分！

在评卷时使用的输入数据与试卷中给出的实例数据可能是不同的。

请把所有函数写在同一个文件中，调试好后，拷贝到【考生文件夹】下对应题号的“解答.txt”中即可。

相关的工程文件不要拷入。

源代码中不能使用诸如绘图、Win32API、中断调用、硬件操作或与操作系统相关的API。

允许使用STL类库，但不能使用MFC或ATL等非ANSI c++标准的类库。

例如，不能使用CString类型（属于MFC类库），不能使用randomize, random函数（不属于ANSI C++标准）

package com.sihai.sanjie;

import java.util.Scanner;

public class _4 {
static int MAXN = 10005;
static char dest[] = new char[MAXN];
static char str[] = new char[MAXN];
static int dp[][] = new int[MAXN][MAXN];

public static void main(String[] args) {
int n;
Scanner s = new Scanner(System.in);
n = s.nextInt();
while (n>0)
{
String dest = s.nextLine();
String str = s.nextLine();
int dest_len = dest.length();
int str_len = str.length();
System.out.println();
System.out.println(DP(str_len,dest_len));
n--;
}
}

public static int DP(int x, int y)
{
int i, j;
for(i = 0; i <= x; i++)
dp[i][0] = i;
for(j = 0; j <= y; j++)
dp[0][j] = j;
for(i = 1; i <= x; i++)
{
for(j = 1; j <= y; j++)
{
if(dest[i-1] == str[j-1])
{
dp[i][j] = dp[i-1][j-1];
}
else
{
dp[i][j] = Math.min(Math.min(dp[i-1][j], dp[i][j-1]), dp[i-1][j-1]) + 1;
}
}
}
return dp[x][y];
}
}