R语言-绘制ROC曲线
2017-02-23 14:41
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浅谈ROC曲线
机器学习中很常见的一个大类就是二元分类器。很多二元分类器会产生一个概率预测值,而非仅仅是0-1预测值。我们可以使用某个临界点(例如0.5),以划分哪些预测为1,哪些预测为0。得到二元预测值后,可以构建一个混淆矩阵来评价二元分类器的预测效果。所有的训练数据都会落入这个矩阵中,而对角线上的数字代表了预测正确的数目,即True Positive+True Nagetive。同时可以相应算出TPR(真正率或称为灵敏度)和TNR(真负率或称为特异度)。我们主观上希望这两个指标越大越好,但可惜二者是一个此消彼涨的关系。除了分类器的训练参数,临界点的选择,也会大大的影响TPR和TNR。有时可以根据具体问题和需要,来选择具体的临界点。
如果我们选择一系列的临界点,就会得到一系列的TPR和TNR,将这些值对应的点连接起来,就构成了ROC曲线。ROC曲线可以帮助我们清楚的了解到这个分类器的性能表现,还能方便比较不同分类器的性能。在绘制ROC曲线的时候,习惯上是使用1-TNR作为横坐标,TPR作为纵坐标。下面来看看如何在R语言中绘制ROC曲线。
# 做一个logistic回归,生成概率预测值 model1 <- glm(y~., data=newdata, family='binomial') pre <- predict(model1,type='response') # 将预测概率prob和实际结果y放在一个数据框中 data <- data.frame(prob=pre,obs=newdata$y) # 按预测概率从低到高排序 data <- data[order(data$prob),] n <- nrow(data) tpr <- fpr <- rep(0,n) # 根据不同的临界值threshold来计算TPR和FPR,之后绘制成图 for (i in 1:n) { threshold <- data$prob[i] tp <- sum(data$prob > threshold & data$obs == 1) fp <- sum(data$prob > threshold & data$obs == 0) tn <- sum(data$prob < threshold & data$obs == 0) fn <- sum(data$prob < threshold & data$obs == 1) tpr[i] <- tp/(tp+fn) # 真正率 fpr[i] <- fp/(tn+fp) # 假正率 } plot(fpr,tpr,type='l') abline(a=0,b=1) R中也有专门用来绘制ROC曲线的包,例如常见的ROCR包,它不仅可以用来画图,还能计算ROC曲线下面积AUC,以评价分类器的综合性能,该数值取0-1之间,越大越好。 library(ROCR) pred <- prediction(pre,newdata$y) performance(pred,'auc')@y.values #AUC值 perf <- performance(pred,'tpr','fpr') plot(perf) ROCR包画图函数功能比较单一,笔者比较偏好使用功能更强大的pROC包。它可以方便比较两个分类器,还能自动标注出最优的临界点,图看起来也比较漂亮。 library(pROC) modelroc <- roc(newdata$y,pre) plot(modelroc, print.auc=TRUE, auc.polygon=TRUE, grid=c(0.1, 0.2), grid.col=c("green", "red"), max.auc.polygon=TRUE, auc.polygon.col="skyblue", print.thres=TRUE)
转载自:http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51155220
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