使用pydicom读取dicom文件,并对文件做一些简单操作
2017-01-17 14:55
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#! /usr/bin/python # -*- coding: utf-8 -*- import dicom import pylab ds=dicom.read_file("/home/s/data/LungCancer/CT/benign/contrast/602825/a_0161.dcm") ##查看有哪些属性 print ds.dir("pat") ##查看对应属性的具体值 print ds.PatientName ##将属性值给某个元素。。。具体什么意思还不懂。 data_element = ds.data_element("PatientsName") # or data_element = ds[0x10,0x10] print data_element.VR, data_element.value ##删除属性 #del ds.SoftwareVersions ##原始二进制文件 pixel_bytes = ds.PixelData ##CT值组成了一个矩阵 pix = ds.pixel_array ##读取显示图片 pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone) pylab.show() ##修改图片中的元素,不能直接使用data_array,需要转换成PixelData for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300 if val < 300: ds.pixel_array.flat =0 ds.PixelData = ds.pixel_array.tostring() ds.save_as("/home/s/data/LungCancer/mycodetest/newfilename.dcm")
参考:http://pydicom.readthedocs.io/en/latest/working_with_pixel_data.html
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