虚拟机ubuntu集群编译安装GROMACS(MPI版本)软件过程
2016-11-15 19:46
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尝试编译安装gromacs时遇到了不少问题,记录一下:
1.搭建MPI并行环境:http://blog.csdn.net/xiaoqiangqiangjie/article/details/53079181。
2.阅读官方的安装手册:http://manual.gromacs.org/documentation/2016.1/install-guide/index.html。
3.按照官方的使用手册进行安装,如下:
其中,/mypath为自由选择的安装目录,-DGMX_MPI=ON指开启MPI编译,另外官方手册中还有支持CUDA的编译option后缀,可以添加。
至此,该软件编译安装完毕。
4.我遇到的错误:
(1)configure: error: Need a version of gcc with -mavx512f,gcc编译器版本不对,手册提示gcc编译版本至少为4.6以上,而我是4.8.2,不知为何不行,困扰许久之后,尝试将编译器改为4.9之后,编译安装成功。
5.总结:
详细阅读官方的使用安装手册,可解决很多问题。
1.搭建MPI并行环境:http://blog.csdn.net/xiaoqiangqiangjie/article/details/53079181。
2.阅读官方的安装手册:http://manual.gromacs.org/documentation/2016.1/install-guide/index.html。
3.按照官方的使用手册进行安装,如下:
tar xfz gromacs-2016.1.tar.gz cd gromacs-2016.1 mkdir build cd build cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_MPI=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mypath make make check sudo make install source /mypath/bin/GMXRC
其中,/mypath为自由选择的安装目录,-DGMX_MPI=ON指开启MPI编译,另外官方手册中还有支持CUDA的编译option后缀,可以添加。
至此,该软件编译安装完毕。
4.我遇到的错误:
(1)configure: error: Need a version of gcc with -mavx512f,gcc编译器版本不对,手册提示gcc编译版本至少为4.6以上,而我是4.8.2,不知为何不行,困扰许久之后,尝试将编译器改为4.9之后,编译安装成功。
5.总结:
详细阅读官方的使用安装手册,可解决很多问题。
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