Illumina下机数据bcl格式转为fastq

BCL2FASTQ

Illumina刚下机的数据为bcl格式文件（per-cycle BCL basecall file），但是下游的分析一般都需要fastq格式文件，所以在进行下游分析之前，需要使用CASAVA软甲中的configureBclToFastq.pl将bcl格式的文件根据每个样本之前添加的index分出，并转为fastq格式的文件。在看bcl2fastq的说明文档时，会经常碰到一个词：demultiplexing，指的就是将multiplexed的reads根据index从不同或者同一个lane中分出，生成sample对应的fastq文件，这一步就涉及到输入正确的samplesheet.csv。

所有的步骤只使用一行代码就可以解决，首先贴出代码：

#PBS -N bcl2fastq
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=5000:00:00
#PBS -l nodes=c15:ppn=10
#PBS -q low
#PBS -j n
nth=${PBS_NUM_PPN}
outdir=/path/to/personaldir/to/store/fastqfile
indir=/path/to/BaseCalls
/usr/local/bin/configureBclToFastq.pl --no-eamss \
--use-bases-mask y51,I6nn,I0nnnnnnnn \   ###y51代表read长度，I6nn代表index长度为6且由于本次测序人员的个人习惯，后面会外加两个空碱基，I0nnnnnnnn代表只使用了一个index即为前面那个，此时仍需设定长度为8
--mismatches 1 \
--input-dir $indir \
--output-dir $outdir/raw \
--sample-sheet $outdir/sample.csv \
--fastq-cluster-count 0 --force

cd $outdir/raw   ###运行过程中会在输出目录产生产生MakeFile，需要指定到输出目录然后完成 *

nohup make -j $nth   ##可多线程运行

重要的一点 一个正确格式的输入：samplesheet.csv



![原始samplesheet来自测序人员]