linux安装ABySS

安装环境：Ubuntu 14.04 

gcc version 4.8.4

1.    安装openmpi

Linux 下输入命令

(1)获取openmpi包：

wget  http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.4/downloads/openmpi-1.4.3.tar.bz2
(2)解压：

tar jxvf openmpi-1.4.3.tar.bz2

(3)进入解压后的文件夹：

cd openmpi-1.4.3/

(4)配置，在配置的时候将安装目录统一指定为$HOME，将程序执行文件，库文件及头文件全部安装在自己的目录下，因为没有root权限，  --enable-mpi-threads表示允许多进程运算。

./configure --prefix=$HOME --enable-mpi-threads

配置时发现少了Boost C++ Libraries，该库文档的链接为：

http://www.boost.org/doc/libs/

输入命令：（如果原本有的这个Boost C++库的话这步可以忽略），这里要用到管理员权限：

sudo apt-get installbuild-essential

sudo apt-get installbuild-essential --fix-missings

 

如果没有管理员权限的话，要下载Boost C++包，安装方法参考官网文档：Easy Build and Install
http://www.boost.org/doc/libs/1_61_0/more/getting_started/unix-variants.html#easy-build-and-install
(5)配置完之后输入：

make

(6)接着输入：

make install

 

2.    安装Googlesparsehash

(1)Linux下输入命令，获取Google sparsehash包:

wget https://github.com/sparsehash/sparsehash/archive/sparsehash-2.0.3.tar.gz
(2)解压

tar -zxvfsparsehash-sparsehash-2.0.3.tar.gz

(3)进入解压后的文件夹

cd sparsehash-sparsehash-2.0.3/

(4)配置

./configure --prefix=$HOME

(5)编译

make

(6)安装

make install

 

3.    安装sqlite3

(1).下载安装包：

wget http://www.sqlite.org/2016/sqlite-autoconf-3130000.tar.gz
(2)解压

tar -zxvfsqlite-autoconf-3130000.tar.gz

(3)进入解压后的目录

cd sqlite-autoconf-3130000/

(4)配置

./configure --prefix=$HOME

(5)编译，安装

make

make install

 

4.    安装ABySS

 (1)Linux下输入命令，获取包：

wget https://github.com/bcgsc/abyss/releases/download/1.9.0/abyss-1.9.0.tar.gz
(2)解压

tar -zxvf abyss-1.9.0.tar.gz

(3)进入解压后的文件夹

cd abyss-1.9.0/

(4)配置，设置成允许最大k-mer为96，并行计算mpi支持，安装到home目录，指定google sparsehash头文件所在(关于CPPFLAGS参数：C/C++/ObjectiveC preprocessor flags, e.g. -I<include dir> if you have
headers in anonstandard directory <include dir> 即把预处理的标志，把一些头文件include进来)
 ./configure --enable-maxk=96 --with-mpi--with-sqlite=$HOME --prefix=$HOME CPPFLAGS=-I$HOME/include

(5)编译

make

(6)安装

make install
(7)设置环境变量

gedit ~/.profile

在文件的末端加上：

export ABYSS_HOME="XXX"

其中XXX表示安装ABySS的路径

(8)输入

source ~/.profile

使更改的文件立即生效。

 

验证，可输入：

ABYSS --help

出现：Usage: ABYSS -k<kmer>-o<output.fa> [OPTION]... FILE...

Assemble the input files, FILE, which maybe in FASTA, FASTQ,

qseq, export, SAM or BAM formatand compressed with gz, bz2 or xz.

Options:

……

说明ABySS安装成功了。