GWAS with plink

plink 是做全基因组关联分析非常强大的软件,说明书非常的详细，即使对GWAS不是很了解的人，相信读完该说明书也能学到不少。下边是在植物群体中采用极端个体（分为两组）进行关联分析的一般方法。群体还有94个材料，50个是抗病的，44个是感病的，表型记录为1,0。

对该表型主要采用3中方法：

（1）卡方检验

（2）卡方检验并有基因组控制

（3）logistic 回归

命令如下：

plink --file F2plink.plk --allow-no-sex  --missing-genotype - --pheno phenotype_plink.txt --1  --assoc #由于基因型含有缺失的数据，在本文件中缺失的是用“—”表示，所以在此要用"--missing-genotype -" 来说明，此外由于ped文件中的表型数据我们设为缺失，此处必须的提供表型，但由于plink默认的0是unaffected,1是affected，-9是missing,为了区别我们的0,1表型，此处添加--1表示。
plink --file F2plink.plk --allow-no-sex  --missing-genotype - --pheno phenotype_plink.txt --1  --assoc --adjust --gc --out gccontrolOFasso #genome control
plink --file F2plink.plk --allow-no-sex  --missing-genotype - --pheno phenotype_plink.txt --1  --logistic  --out logitasso #logistic regression
less logitasso.assoc.logistic |sort -n -k 9 >> logit_order #对P值排序，然后保存