BLAST(2004版)本地化安装与使用,生成PSSM打分矩阵
2016-01-02 19:15
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一、软件安装
1、软件下载:该软件目前已更新到2.3.0+(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.3.0/),我使用的是师姐给的2004年2.2.9版(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/2.2.9/)大家可以根据自己的需求来下载。两个软件在Dos环境下的命令还是不一样的,我个人感觉2004版的更方便一点。
2、软件安装:新建Blast文件夹,把blast-2.2.9-ia32-win32拷贝到该文件夹。运行blast-2.2.9-ia32-win32可产生data文件和其他文件,新建bin和db两个文件夹把之前产生的文件都放在bin中,db文件夹用来存放蛋白质或其他数据库文件。最后把Blast文件夹放在C盘根目录下。
3、环境变量设置:右键“我的电脑”-属性,然后“高级系统设置”选项-“环境变量”。在用户变量下方点击“新建”-变量名:BLASTDB,变量值:C:\Blast\db(即数据库路径)。在系统变量下方“Path”添加变量值:C:\Blast\bin。
4、Blast软件运行。Blast是在Dos环境下运行的,快捷键Win+R打开cmd进入Dos环境,输入“blastn -version”显示Blast版本信息即可。
二、Blast本地数据库构建
1、下载数据库: 在NCBI下载你所需要用的数据库,或者在Swiss-prot(ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/swissprot/)数据库下载FASTA格式的数据,最后把数据放在db文件中。
2、创建一个ncbi.ini file文件:
[NCBI]
Data="C:\Blast\data\" 并把该文件放在 Windows or WINNT目录下。
3、数据的格式化:在Dos环境下运行 cd C:\blast\db回车,然后输入formatdb.exe -p T -i swissprot -o T(本文以swissprot数据库为例进行实验) 进行格式化命令。
三、利用blast生成PSSM打分矩阵
在Dos环境下运行 blastpgp -i 1.txt -d swissprot -j 3 -h 0.001 -o print.txt -Q 1.pssm,最后在db文件夹下生成相应的文件。
部分参数解释:“-”是命令提示符;blastpgp生成打分矩阵程序 ; -i输入查询文件(1.txt); -d查询数据库( swissprot);-o输出文件(print.txt); -Q(生成打分矩阵) 1.pssm。
四、blast命令帮助
在blast-2.2.9(2004版)中运行C:\blast>blastpgp使用的程序即可,在2.3.0+版本中运行C:\blast\blastp(根据实际情况而定) -help 则需要加一个“-help”命令。
参考文献(window系统下本地blast+安装与使用教程 http://blog.sina.com.cn/s/blog_567b43d00101maqx.html)
1、软件下载:该软件目前已更新到2.3.0+(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.3.0/),我使用的是师姐给的2004年2.2.9版(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/2.2.9/)大家可以根据自己的需求来下载。两个软件在Dos环境下的命令还是不一样的,我个人感觉2004版的更方便一点。
2、软件安装:新建Blast文件夹,把blast-2.2.9-ia32-win32拷贝到该文件夹。运行blast-2.2.9-ia32-win32可产生data文件和其他文件,新建bin和db两个文件夹把之前产生的文件都放在bin中,db文件夹用来存放蛋白质或其他数据库文件。最后把Blast文件夹放在C盘根目录下。
3、环境变量设置:右键“我的电脑”-属性,然后“高级系统设置”选项-“环境变量”。在用户变量下方点击“新建”-变量名:BLASTDB,变量值:C:\Blast\db(即数据库路径)。在系统变量下方“Path”添加变量值:C:\Blast\bin。
4、Blast软件运行。Blast是在Dos环境下运行的,快捷键Win+R打开cmd进入Dos环境,输入“blastn -version”显示Blast版本信息即可。
二、Blast本地数据库构建
1、下载数据库: 在NCBI下载你所需要用的数据库,或者在Swiss-prot(ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/swissprot/)数据库下载FASTA格式的数据,最后把数据放在db文件中。
2、创建一个ncbi.ini file文件:
[NCBI]
Data="C:\Blast\data\" 并把该文件放在 Windows or WINNT目录下。
3、数据的格式化:在Dos环境下运行 cd C:\blast\db回车,然后输入formatdb.exe -p T -i swissprot -o T(本文以swissprot数据库为例进行实验) 进行格式化命令。
三、利用blast生成PSSM打分矩阵
在Dos环境下运行 blastpgp -i 1.txt -d swissprot -j 3 -h 0.001 -o print.txt -Q 1.pssm,最后在db文件夹下生成相应的文件。
部分参数解释:“-”是命令提示符;blastpgp生成打分矩阵程序 ; -i输入查询文件(1.txt); -d查询数据库( swissprot);-o输出文件(print.txt); -Q(生成打分矩阵) 1.pssm。
四、blast命令帮助
在blast-2.2.9(2004版)中运行C:\blast>blastpgp使用的程序即可,在2.3.0+版本中运行C:\blast\blastp(根据实际情况而定) -help 则需要加一个“-help”命令。
参考文献(window系统下本地blast+安装与使用教程 http://blog.sina.com.cn/s/blog_567b43d00101maqx.html)
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