Haploview做单倍型分析
2015-10-04 14:42
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自个数据用Haploview做单倍型分析
转载他人的 http://www.dxy.cn/bbs/topic/16025305 Haploview http://www.broadinstitute.org/haploview/haploview-downloads第1步,制备基因型的文档,我用的是EXCEL,如图,从左至右依次为:pedigree/sample name,individual ID,Father's ID,Mother's ID,sex(M=1,F=2),Affection status (0=UNKNOWN, 1=UNAFFECTED,2=AFFECTED). 然后是每个SNP的基因型....
第2步:由于软件无法识别ATCG,需要将其转化一下,一般为:A=1,C=2,G=3,T=4.I=1,D=2,分别为insertion and deletion.
直接CTRL+H就行了.无基因型的以(0 0)表示,注意,两数字中间有一个空格. (4.2以上的版本可以识别ATCG滴,不需要分成2列吗)
第3步,制备样品LOCUS的位置文档.
也就是以第一个SNP为1,第2个SNP与第1个相差N个bp,N=两个SNP的position之差.制备成如下的表格.(postion可以用BLAST得到其物理地址)
此图A列为SNP_ID,B列为相对位置. (注意:只有2列,一个为SNP,一个为locus)
然后将制备好的表格另存为.txt.注意:两文档必须是一一对应的,也就是SNP的数目要一致.
然后分别上传.第一个文档至DATA FILE..
完成,你不光会得到图,还会得到其它信息. 你也可以根据一些设置调整图的算法或色彩. 以下是一些步骤图片: 第一步示意图 (不要表头的) |
![](http://image.sciencenet.cn/album/201302/03/220945xfabt98srsebfs3r.png)
第二步示意图 (4.2版本滴就不需要转换了)
![](http://image.sciencenet.cn/album/201302/03/220946wfdwukzpodcr9dok.png)
第三步示意图 (只有2列,这个SNP的locus可以用相对距离,也可以用绝对距离)
![](http://image.sciencenet.cn/album/201302/03/2209487v5r5vrp1vv5z6f7.png)
第四步示意图
![](http://image.sciencenet.cn/album/201302/03/2209496ffnbapv0p1n3qev.jpg)
第五步示意图
![](http://image.sciencenet.cn/album/201302/03/220950ocl6il66nlnwzdlz.jpg)
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