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华为机试测试-dna-字符串

2015-09-04 14:29 330 查看
一个DNA序列由A/C/G/T四个字母的排列组合组成。G和C的比例(定义为GC-Ratio)是序列中G和C两个字母的总的出现次数除以总的字母数目(也就是序列长度)。在基因工程中,这个比例非常重要。因为高的GC-Ratio可能是基因的起始点。

给定一个很长的DNA序列,以及要求的最小子序列长度,研究人员经常会需要在其中找出GC-Ratio最高的子序列。

输入输入一个string型基因序列,和int型子串的长度

输出找出GC比例最高的字串

样例输入AACTGTGCACGACCTGA 5
样例输出GCACG
import java.util.Scanner;
public class Main{
public static void main(String[] args){
Scanner scanner=new Scanner(System.in);
String dna=scanner.next();
int n=scanner.nextInt();
System.out.println(count(dna,n));
scanner.close();
}

public static String count(String dna,int n)
{
int len=dna.length();
float maxRatio=0.0f;
String maxString=null;
for(int i=0;i<len-n;i++)
{
String s=dna.substring(i,i+n);
float r=ratio(s);
if(r>maxRatio)
{
maxRatio=r;
maxString=s;
}
}
return maxString;
}

public static float ratio(String s)
{
int len=s.length();
int cnt=0;
for(int i=0;i<len;i++)
{
char c=s.charAt(i);
if(c=='G' || c=='C')
cnt++;
}
return cnt*1.0f/len;
}
}
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