课题第二天

1. 今天用gb2fas.py对拆分的gb文件进行cds提取，首先对该脚本进行了修改，用来支持以目录作为输入，从而实现批量提取。

2. 修改完成以后，发现有些gb文件总是报错，cds中没有translation的关键字。后来调试发现，这些cds的功能还没弄清楚，标识为假想基因（pseudo gene)，也许将这些不清楚的基因标记出来，可以作为以后的工作。

3. 后来发现该脚本的cds location提取有问题，很多基因都是分段的带有内含子，或者是正负链部分片段相加成为的一个基因，这部分要先熟悉genbank格式后进行修改。