如何计算测序深度
2014-11-27 00:05
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假如双端测序得到这两个文件：
L2Y-0_TGACCA_L002_R1.fastq.gz
L2Y-0_TGACCA_L002_R2.fastq.gz
如果用wc -l 看gz文件的行数， 返回的结果是不对的
一般用fastqc看下质量怎么样：
/share/hiseq/SampleProcess/FastQC/fastqc 20_GTGGCC_L000_R1.fastq.gz
后面只需要放一个，自动两个都会跑出来
然后查看结果， 有总序列数目：
这个是单端的。
那么覆盖深度就为：
(total_sequences * 2) * 测序的长度 / 基因组的大小
freemao
free_mao@qq.com
FAFU
L2Y-0_TGACCA_L002_R1.fastq.gz
L2Y-0_TGACCA_L002_R2.fastq.gz
如果用wc -l 看gz文件的行数， 返回的结果是不对的
一般用fastqc看下质量怎么样：
/share/hiseq/SampleProcess/FastQC/fastqc 20_GTGGCC_L000_R1.fastq.gz
后面只需要放一个，自动两个都会跑出来
然后查看结果， 有总序列数目：
这个是单端的。
那么覆盖深度就为：
(total_sequences * 2) * 测序的长度 / 基因组的大小
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