wfu-pickatlas安装问题解答
2014-02-17 10:28
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将wfu无论放到matlab的toolbox下还是spm的toolbox下都出现错误,而且是只能打开wfu,不能打开spm。这个和wfu是否置顶的关系并不大,一般是将wfu放到spm的toolbox下,setpath后,再把spm setpath。因为这个时候spm被改变了,如果不设置路径,matlab是找不到的。
使用Matlab命令打开PickAtlas:
wfu_pickatlas;
使用spm8得到的大脑三维图,如何精确的对应到大脑的各个部位,又是如何知道各个部位相应的名称呢?
方法(1) :用xjview,打开生成的mask
方法(2) :把坐标存成文本用Talairach coordinate atlas查看
方法(3) :用aal插件查看
方法(4) :把坐标输入wfu_pickatlas插件
怎样使用wfu_pickatlas定位:
Try this:1. Click on results
2. File => open in the results window
3. Find the SPM.mat file generated from SPM and show them.
向您请教一下mask都有什么作用呢?一般是怎样生成一个mask呢?
我现在想看看我的大脑激活区域都对应于哪些视觉区域(如V1、V2、V3、V4等),请求您的指导~~
指导不敢当,我只能说说我用到mask的场合:
1) 比如用WFU_pickatlas插件可以生成感兴趣的Brodmann或aal大脑分区的MASK,然后用mask提取Volume中的该脑区(spm_mask(p1,p2)函数可实现),从而对该脑区做进一步的分析。
2)确定感兴趣区的中心坐标(可以是spm统计分析后的peak点),然后以一定的半径取球,做成mask,以提取该ROI区的信息,以便做进一步的分析(如,提取时间序列做其与其他体素的功能连接)。
3)用有些工具软件提供的全脑mask去除volume中brain以外的噪声的影响。
4)。。。
至于你提的想做的事情,可以尝试如下做法:将激活区生成mask(spm统计分析后得到激活区,采用save操作即可),然后用xjview插件OVERLAY之后查看。或再分别生成V1,...,V4的mask,然后用microN(不知是否拼写错误)做overlap分析亦可。
以上内容,仅供参考,如有错误,概不负责,呵呵
使用Matlab命令打开PickAtlas:
wfu_pickatlas;
使用spm8得到的大脑三维图,如何精确的对应到大脑的各个部位,又是如何知道各个部位相应的名称呢?
方法(1) :用xjview,打开生成的mask
方法(2) :把坐标存成文本用Talairach coordinate atlas查看
方法(3) :用aal插件查看
方法(4) :把坐标输入wfu_pickatlas插件
怎样使用wfu_pickatlas定位:
Try this:1. Click on results
2. File => open in the results window
3. Find the SPM.mat file generated from SPM and show them.
向您请教一下mask都有什么作用呢?一般是怎样生成一个mask呢?
我现在想看看我的大脑激活区域都对应于哪些视觉区域(如V1、V2、V3、V4等),请求您的指导~~
指导不敢当,我只能说说我用到mask的场合:
1) 比如用WFU_pickatlas插件可以生成感兴趣的Brodmann或aal大脑分区的MASK,然后用mask提取Volume中的该脑区(spm_mask(p1,p2)函数可实现),从而对该脑区做进一步的分析。
2)确定感兴趣区的中心坐标(可以是spm统计分析后的peak点),然后以一定的半径取球,做成mask,以提取该ROI区的信息,以便做进一步的分析(如,提取时间序列做其与其他体素的功能连接)。
3)用有些工具软件提供的全脑mask去除volume中brain以外的噪声的影响。
4)。。。
至于你提的想做的事情,可以尝试如下做法:将激活区生成mask(spm统计分析后得到激活区,采用save操作即可),然后用xjview插件OVERLAY之后查看。或再分别生成V1,...,V4的mask,然后用microN(不知是否拼写错误)做overlap分析亦可。
以上内容,仅供参考,如有错误,概不负责,呵呵
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