代码分析_fasta_main
2013-05-04 17:32
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fasta 是一款开源高效的生物学序列分析工具
fasta 相关介绍:http://www.baike.com/wiki/FASTA
fasta开源地址:https://github.com/blacklaw0/fasta
根据README文件先将src中的文件编译一遍
sudo link /bin/fasta36 /usr/bin/fasta36
然后再做测试
说明一下相关文件夹的内容
bin/ 通过编译后的的二进制程序文件
conf/
data/
doc/ fasta的介绍文件
make/ make的配置文件,会调用src
misc/
seq/ 测试用的序列文件
sql/ 相关的sql语句
src/ fasta源代码
test/
尝试着运行了一下测试脚本,一直报错 list request but FASTLIBS undefined
google了一下 http://doc.bioperl.org/bioperl-run/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/StandAloneFasta.html
fasta 相关介绍:http://www.baike.com/wiki/FASTA
fasta开源地址:https://github.com/blacklaw0/fasta
根据README文件先将src中的文件编译一遍
To make the standard FASTA programs: cd src make -f ../make/Makefile.linux_sse2 all where "../make/Makefile.linux_sse2" is the appropriate file for your system. The executable programs will then be found in ../bin (e.g. ../bin/fasta35_t, etc.)最好在bin中加个链接
sudo link /bin/fasta36 /usr/bin/fasta36
然后再做测试
For a simple test of a program, try (from the src directory) ../bin/fasta35 -q ../seq/mgstm1.aa ../seq/prot_test.ls
说明一下相关文件夹的内容
bin/ 通过编译后的的二进制程序文件
conf/
data/
doc/ fasta的介绍文件
make/ make的配置文件,会调用src
misc/
seq/ 测试用的序列文件
sql/ 相关的sql语句
src/ fasta源代码
test/
尝试着运行了一下测试脚本,一直报错 list request but FASTLIBS undefined
google了一下 http://doc.bioperl.org/bioperl-run/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/StandAloneFasta.html
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