磁共振实验数据SPM8处理流程（完结）

如前所述，用SPM进行数据处理分析过程主要分为两大部分：预处理过程和统计分析过程。

预处理过程已经在前两篇里完成啦，接下来是统计分析过程。

参数估计：

在spm8中选择Specify 1st-level

即以前版本的“fMRI model”，spm5 和spm8 中的分析选项有所变化，使用Specify 1st level 做单个被试(single subject)分析；使用Specify 2nd level做组分析(group analysis)。我们选择“Specify 1st level”，出现一个对话框，设置参数如下：

Directory：指定一个文件夹存放结果数据，如放在data3D文件夹中；

Units for design选择“Scans”-----[如选 scans （对events，事件相关），其后 durations 的时间按 TR 的倍数计算 ；如选 seconds ，则以秒为单位计算 ]

Interscan interval（即TR）输入“2”

Microtime resolution --- [通常默认为 16 ，除非 TR 很长 ]

Microtime onset --- [在 ER 设计中， slice timing 时， reference slice 的扫描次序，例如 reference slice 为第 25 层，是第 13 个扫描的，这里就填 13 ]

“Data & Design”选择“New Subject/Session”，再选择新出现的“Subject/Session”，

选择“Scans”并用文件选择器选择相应任务的所有平滑后的功能图像（swra*.img）

然后点击“down”，选择“Condition”后选择“New condition”，然后选中新出现的“Condition”，

“Name”选项输入任务条件的名称，

“Onsets”输入任务条件的启动向量，代表任务刺激启动的扫描数，【如1:14:70 ，代表任务从第 1个 TR 开始，每 14 个 TR 为一个周期，共 70 个 TR 】

选中“Durations”--- [ER 设计填 0、block 设计填刺激任务的持续时间 ，注意前面 Units for design 的选择！！ ]  输入任务组块的持续时长，如是事件相关设计请输入“0”。如还有其他任务，要再次选中“Condition”——“New condition”——“Condition”定义其他任务条件。

设置完毕后点击绿三角运行。

这样将会在开始选择的目录中生成文件spm.mat.

下面要估计我们刚建立的模型，在模型设置面板中点击“estimate”，将打开一个对话框，

很简单，我们只须选择刚生成的“spm.mat”文件点击“down”然后点击绿三角运行即可。

估计完成后，我们选择“results”，将打开又一个对话框，

图中设计矩阵表明一个扫描序列中我们有三个任务条件，均为事件相关设计，选中“t—contrasts”，点击“define new contrast”, 第一个任务“contrast”定义为“1”， 第二个任务定义为“0 1”，第三个任务nn 定义为“0 0 1”，第一个任务减第三个任务定义为“1 0 -1”，第二个任务减第三个任务定义为“0 1 -1”，第二个任务减第一个任务定义为“-1 1”，其余操作以及激活图显示和以前版本都是一致的。

        值得我们注意的是，我们指定或输入一系列的参数来进行每一步的处理，完成后我们可以通过Save按钮将每一步存为一个*.mat文件。以后我们可以通过Load按钮重新加载并使用这些*.mat文件，我们适当修改后（例如改变所运行的数据集）再选择Run按钮运行。

        另外我们可以使用TASKS菜单项指定一系列的操作(预处理和/或分析)，在TASKS->Batch菜单项下，你可以在一个大文件中指定数据处理所有步骤。批处理交互界面非常灵巧。它知道根据指定的步骤将产生什么文件。例如，在Tasks->Batch,菜单项下，选择New "Spatial"。在你的SPM任务树(Jobs tree)中选择(highlight) -Spatial ，并从选项面板中选择New "Realign" 选项指定我们前述的realignment的详细步骤。现在，当我们向任务树中添加标准化步骤时，我们将看见为标准化操作选择r*文件的选项，尽管事实上，我们还没有真的生成r*文件。所以，批处理非常智能，可以预测我们的需要。如果我们已经生成了几个批处理任务文件，我们可以使用TASKS->Util->Execute
Batch Jobs选项来运行它们。该工具允许我们选择一系列的mat文件(不一定是batch jobs文件)来运行。如果你怀念旧版本SPM操作界面，在TASKS菜单下，选择Sequential，这样就不会出现树(tree)，选项将会出现在SPM输入窗口。

说明： （1）定义对比 ，一般 0不用输，要看超过基线或 control 的部分， contrast 选 1，反之可以选 -1；

             （2）extent threshold ：范围的阈值，定义多少个连在一起有意义的体素数目才不认为有可能是噪声。这个数值的选择一般要结合选定的P值和 smooth 中 FWHM 值来定。

             （3）Overlays中选择 slice 查看 2D 激活图 、选择 sectors 查看 3D 激活图，文件选择经标准化后的3D文件，以 wms 开头；也可选Render，在spm8工具箱中的render中的三个模板，用以查看在玻璃脑中的激活图。

             （4）标准化后的图像结果还可以用 MSU 插件（ toolbox ）来获得每一个 激活区的大小（体素个数）和相应的坐标以及对应的脑功能区域或解剖结构。

终于copy完了。。。