差异表达分析软件GFOLD安装以及GSL安装问题

同济GFOLD软件是一款根据mapping结果直接进行差异表达分析的软件，http://www.tongji.edu.cn/~zhanglab/GFOLD/index.html，文献中提到，该软件在分析无重复的转录组数据的时候，不以p值为计算依据，而是以GFOLD值作为标准筛选差异表达基因，命令也比较简单。国产软件还是支持一下。

结果要优于其他DESeq、edgeR、cuffldiff等软件，故在此决定安装该软件。

在安装该软件之前需要先安装GSL的一款基于GNU的数值计算工具（个人这么认为，不管怎么样要安装）。

这是GSL的官方介绍http://www.gnu.org/software/gsl/

首先下载下来 这个比较简单我就不说了 wget命令

tar解压

cd 进入目录

进去以后参考INSTALL中说明，里面会把遇到的一些常见问题列出方便解决。但是基本步骤就是

>./confiure

>make

>make check

>make install

一般来说会把库文件 和lib文件安装在usr/local下的include和lib下 ，记住这两个目录方便后面使用。

上面步骤一般来说不会报错，所以就到了下一步。安装GFOLD软件

从上述网站下载GFOLD的安装包，同样wget

解压，进入目录，可以先打开READEME看一下，需要改环境变量，没错这里就蛋疼了，可以的话推荐手动改，

linux系统直接改~/.bashrc文件

在里面加上这两句

export CXXFLAGS="-g -O3 -I/usr/local/include -L/~/usr/local/lib";

export LD_LIBRARY_PATH="~/usr/local/lib:"$LD_LIBRARY_PATH

注意-I 和-L后面没有空格，不知道同济的开发者怎么想的 我试了半天，才搞定。一般来说这里改完就ok了。

然后就是编译：make

很喜人，这里没有报错，gfold文件终于生成了。

但是这里结束了么，我错，问题没有ok。

经常装软件的人一般都会装好习惯下的测试运行一下，你猜对了，我测试运行出错了哦。

./gfold: error while loading shared libraries: libgsl.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

这是报错的信息，我表示不解，我明明都装好，路径也设对了，但是这个就是找不到。

于是google神器爆发找到了答案，原因是在GSL装好以后可能会出现共享lib找不到的情况，这个是系统造成的，解决方法是手动的重新更改系统变量 设置LD_LIBRARY_PATH。

> LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib
> export LD_LIBRARY_PATH

至于为啥会这样我也不理解，但是可喜的是后面运行没问题了。

GFOLD的欢迎界面（我没有加参数JOB）