RECON使用札记

 RECON是一款寻找重复序列的软件，因工作之故，接触了两天，挫折不少，札记于下：
安装如readme文档中所言即可。
注意：recon.pl脚本中的path参数最好为绝对路径（至少在我的机器上使用相对路径有时候会出错）。
如果是Windows机器上安装了Cygwin，并且使用了Cygwin中的perl编译器，那么由于两大操作系统中命令的冲突（反映在recon中，为sort命令的冲突），会导致“命令指定两次”的错误，此时，需要在环境变量的path设置中，将cygwin中bin路径放在system32之前，即可。
使用流程：
1，序列文件用formatdb来生成几个数据库文件（前缀一样，后缀名不同，直接使用前缀即可，略去后缀名）：
e.g.
formatdb -p T -i inputSeq -o
2，使用blastall进行all-vs-all的"multiple-alignment"：
e.g.
blastall -p blastn -i inputSeq -d inputSeq -o outputFile
3，将得到的blast's outputFile 使用MSPCollect来分析：
e.g.
perl MSPCollect.pl outputFile > outMSP
4，制作seq_name_list文件后使用recon.pl来寻找重复序列：
e.g.
perl recon.pl seq_name_list outMSP 1

在生成的summary文件夹中，eles文件内容即为我们所关心的分析结果。
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注意：seq_name_list文件最后一定要有一行空行，不知道为什么，在我的机子上就是这样，否则会报错的。